Tên khoa học đầy đủ của rắn chuột Baja là Bogertophis rosaliae (Mocquard, 1899), trong đó:
Tên chi "Bogertophis" lấy gốc từ Bogert, nhằm vinh danh Charles Mitchill Bogert là nhà nghiên cứu sinh học người Mỹ, phụ trách nghiên cứu khoa học của Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Hoa Kỳ.[5][6]
Tên loài "rosaliae" là tên địa phương thu mẫu vật điển hình Santa Rosalia tại Baja California Sur ở Mêxicô.
Mocquard mô tả khoa học đầu tiên loài này vào năm 1899.
